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辣椒猝倒病、辣椒立枯病、生理性漚根是苗期主要發生的病害，三種病害均主要發生在莖基部，且表現癥狀相似。
一、辣椒猝倒病
屬真菌性病害
發病時間：幼苗1-2個真葉時最易發病
危害癥狀：
1.發病后在幼苗莖基部或中部會出現明顯水漬狀，逐漸縊縮成線狀，幼苗倒伏；
2.在患病處濕度大時有白色霉
發病條件：
1.濕度過大，溫度低于18℃，降雨后最易發病，降雨越大越易發病；
2.棚內溫度高時進行澆水，根部忽熱忽冷，也容易發病。
防治方法：
1.避免在連作區域選土育苗，選用穴盤及消毒基質育苗，培育壯苗；
2.選用優良抗病品種，播種前種子消毒；
3.降雨時注意加強通風，降低空氣濕度，且根據溫度，適時增加保溫設施；
4.發病后噴施甲霜靈、霜霉威、吡唑醚菌酯、惡霉靈等藥劑。
二、辣椒立枯病
屬真菌性病害
發病時間：苗期、成株期均可發病，多發病于幼苗中后期。
危害癥狀：
1.發病初，在幼苗莖基部出現橢圓形褐斑；后期病部出現萎縮變細，不倒伏；
2.發病后，辣椒葉片會出現白天萎蔫，夜間恢復的癥狀，循環往復，直至死亡；
3.濕度大時莖基部有褐色霉狀物。
發病條件：
1.種子帶毒或土壤中存在病原菌；
2.一般在溫度25℃以上，濕度大且棚內?????????????????長期不通風的環境下時容易發病；
3.立枯病傳播速度快，可通過土壤、水流傳播。
防治方法：
1.避免在連作區域選土育苗，選用穴盤及消毒基質育苗，培育壯苗；
2.選用優良抗病品種，播種前種子消毒；
3.澆水采用滴灌或噴灌，盡量減少大水漫灌，并且在澆水后要通風散濕；
4.發病后需要將病株拔除，并噴施立枯靈、普力克、溴菌腈進行噴施防治，也可用于灌根防治。
三、生理性漚根
屬生理性病害
發病時間：在幼苗期發生
危害癥狀：
1.根部發病會出現銹褐色，不發新根，并且逐漸腐爛；
2.根系無營養吸收，地上部逐漸萎蔫，變黃、干枯而死。
發生條件：
澆水量大，穴盤積水，苗床溫度過低等原因會引起生理性漚根的發生。
防治方法：
1.選擇排水良好的地塊進行育苗，發現積水后及時排水；
2.溫度低于12℃以下時，增加保溫設施。
注意：苗期病害的預防要注意控制溫濕度和營養供應，苗子長得壯實不易得病，在子葉展開后可以噴施一些低濃度的魚蛋白或者海藻酸。