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椒成株期病害主要有辣椒病毒病、辣椒疫病、辣椒炭疽病、辣椒灰霉病、辣椒青枯病、辣椒細菌性葉斑病、辣椒白粉病。
一、辣椒病毒病
發病時間：成株期均可發病
表現癥狀：
1.花葉型，病葉上出現明顯的濃綠與淺綠相間、葉片皺縮變形的癥狀；
2.壞死，在葉片出現褐色壞色斑，并且從葉脈到葉柄到莖桿發生條斑，一般伴隨著落花、落果、落葉；
3.畸形，葉脈褪綠出現黃綠相間的癥狀，葉片增厚，邊緣上卷，莖節間縮短；
4.果實發病時，會出現果實長得小，轉紅效果差，表面出現綠色不均勻的花斑。
發生條件：
1.種子帶毒、長期連作土壤存在病毒，蚜蟲吸食傳播病毒會引起病毒病的發生及傳播；
2.打叉、采摘、吊蔓過程中，產生的傷口間接觸會加劇病毒病的傳播；
3.發病后治療困難，需提前預防。
防治方法：
1.選用抗病品種，播種前進行種子消毒；
2.加強輪作，定植前清理田間作物殘留，將雜草、殘枝落葉、地膜等清理干凈；
3.布置防蟲網，發現蟲害后立即進行防治，可以使用吡蟲啉、吡蚜酮、阿維菌素等藥劑進行防治；
4.在發生病害后，及時清理清理病株。然后噴施6%寡糖·鏈蛋白，或20%丁香酚水乳劑，或2%幾丁聚糖水溶劑，或寧南霉素，每隔7天防治1次，連續防治3次后有較為明顯的防治效果。
注意：3次防治的藥劑可以是同一種,也可以是3種藥劑交替使用。
二、辣椒疫病
屬真菌性病害
發病時間：苗期、成株期均可發病，成株期發病最為嚴重。
表現癥狀：
1.苗期3-4片真葉時開始發病，根莖組織出現腐爛，在患病處出現縊縮，幼苗倒伏，濕度大時病部表現濕腐；
2.成株期葉片、果實、莖部均會發病，出現暗綠色水漬狀病斑；
3.葉片邊緣為黃綠色，潮濕時會腐爛，干燥破碎；
4.莖部縊縮倒伏，枯萎死亡；
5.果實腐爛，潮濕時有白色霉層，干溝呈暗褐色。
發生條件：
1.長期連作重茬，病原菌積累；
2.在25-30℃，濕度較大、通風較差時最易發生。
防治方法：
1.避免連作重茬，定植前清理前茬作物，深翻土壤，高溫悶棚；
2.增施腐熟有機肥，改善土壤結構；
3.覆蓋地膜以減少水分蒸發，澆水后及時通風，降低空氣濕度；
4.發病后將病葉病果摘除，再噴施甲霜霜脲氰，噁酮氟噻唑，烯酰氟啶胺、甲霜錳鋅、丙森霜脲氰、吡唑醚菌酯等藥劑進行防治。
三、辣椒炭疽病
屬真菌性病害
發病時間：主要發病盛期在5-9月份，發病期多為結果中后期。
表現癥狀：
1.在葉片兩面出現黑褐色近圓形病斑，中心處有黑點小粒點；
2.果實出現褐色橢圓形或不規則形病斑，初期表面有粉色小粒點，有凹陷；后期果實腐爛，出現輪紋，干燥環境下果實縮水，表面有白色霉狀物；
3.莖部發病會出現不規則條形凹陷褐斑，后期表現出干燥破
發病條件：
1.長期連作，病原菌在土壤中積累；
2.植株長勢弱，生長緩慢，抵抗力弱；
3.溫度15℃以上均可發病，濕度越大，發病越重。
防治方法：
1.選用抗病品種，避免連作，可與非茄科作物進行輪作；
2.在定植前及收獲后，將田間作物殘留清理干凈；
3.避免偏施氮肥，增施磷鉀肥，增強植株抵抗能力；
4.及時整枝打叉，增加通風受光，濕度大時注意通風散濕；
5.在發病后，可以使用氟硅唑、咪鮮胺、肟菌酯、甲基硫菌靈、苯醚甲環唑、嘧菌酯等進行治療。嚴重發病時及時清除田間病株，再噴藥。
四、辣椒灰霉病
屬真菌性病害
發病時間：花期是入侵高峰，在生長季均可發病。
表現癥狀：
1.一般大病多從葉尖開始，沿葉脈成V字形發病；初期水漬狀，逐漸變為黃褐色；病斑邊緣不規則，有輪紋，表面有灰白色霉層；
2.莖部一般在分叉處或果柄處發病，病部出現淺褐色，表面有大量灰色霉層；
3.果實染病，表面出現灰色霉層，后期出現水腐狀。
發病條件：
1.在溫度15-22℃、濕度大時容易發病；
2.長期陰雨天氣，缺少通風，發病嚴重。
防治方法：
1.均衡施肥，避免偏施氮肥，增施磷肥及鉀肥；
2.及時進行棚內通風，避免高濕環境；
3.及時清除衰老葉片及病葉、病果，減少病害傳播源；
4.在花期后，加強植株的檢查，一旦發生病害時，可以使用異菌脲、腐霉利、氟菌唑、肟菌酯、氟酰胺等藥劑進行防治。
五、辣椒青枯病
屬細菌性病害
發病時間：植株成株期均可發病
表現癥狀：
1.發病后葉片迅速枯萎，然后植株死亡，但葉片仍為綠色；
2.根部細根先發生褐變，后變腐爛；莖基部掰開后有白色渾濁汁液。
發病條件：
長期輪作，大量病原菌積累，遇到濕度大且溫度高時極易發病，且發病迅速。
防治方法：
1.避免輪作，定植前進行深翻土壤；
2.及時清除田間病株，并在病株根系使用藥劑灌根；
3.發病前期可進行噴施中生菌素、噻菌銅、噻唑鋅等藥劑，發病后期，先將病株拔除，再進行噴藥或灌根。灌根可以使用石灰水，或直接灑生石灰。
六、辣椒瘡痂病
屬細菌性病害
發病時間：多發于7-8月份
表現癥狀：
1.葉片染病初期出現許多圓形或不規則狀的黑綠色或黃褐色斑點，葉背有水泡狀凸起，正面稍微凹陷；
2.莖蔓染病后病斑呈現不規則條斑 ；
3.果實染病后在果實表面出現近圓形墨綠色病斑，直徑0.5厘米左右，邊緣隆起，表面粗糙。
發病條件：
1.在30℃左右高溫、且濕度大的環境下易發病；
2.長期連作，病原菌積累，通過土壤、昆蟲、雨水傳播。
防治方法：
1.合理輪作，避免與茄科作物連作，嚴重的可與十字花科或禾本科進行3年以上輪作；
2.進行深耕，消除病原體；
3.雨季加強排水，棚內及時排濕，避免濕度過大；
4.發病后及時清理田間病蟲株，可以使用唑醚·代森聯、春雷霉素、氯溴異氰尿酸、苯醚·噻霉酮等進行防治。
七、辣椒白粉病
屬真菌性病害
發病時間：一般在3-4月發生，溫度逐漸上升，植株易染感病。
表現癥狀：
發病初期葉片出現白色粉狀物，后期出現黑點，變成灰斑，嚴重時葉片皺縮變小。
發病條件：
1.在15-28℃的溫度下、忽干忽濕的情況下易發病；
2.田間病原菌傳播引起白粉病的發生。
防治方法：
1.及時清理田間病株，深埋或焚燒；收獲后將殘株落葉進行清理；
2.最好與其他病害同時進行防治，在進行其他病害防治時，順帶使用藥劑進行防治。可以使用百菌清、10%氟硅唑、10%苯醚甲環唑等進行防治。